Tiempos en que empieza la construcción de sus templos. Se convertía en la ciudad mas importante del Virreinato del Perú. Opulenta y rica, la ciudad, se dice, fue victima del castigo divino, por la vida disipada y libertina de sus habitantes.

En 1686 es saqueada por E. Davis y su banda de piratas, dejándola indefensa y a merced de nuevas incursiones. En este estado, los pobladores deciden trasladar a sus familias y pertenencias a la Ciudad de Lambayeque, quedándose solo los esclavos y capataces. Zaña logró recomponerse, pero el 15 de Marzo de 1720 las aguas del río dejaron su cause y envistieron con gran fuerza y gigantesco oleaje sobre la Ciudad, arrasando todo lo que estaba a su paso. Luego de esto el éxodo fue completo.

Mudos testigos son los restos de sus conventos: San Francisco, San Juan de Dios, Nuestra Señora de las Mercedes y San Agustín, siendo este último el mejor conservado, su inmensa bóveda sostenida de recios muros de ladrillo, parte del coro alto y la arquería del claustro. Todo el conjunto muestra gran influencia gótica en su arquitectura.